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使用WDL执行GATK HaplotypeCaller教程

admin 05-13 09:10 127次浏览

Introduction这里的工作流程是helloHaplotypeCaller; 一个单任务是gatk’shaplotypecaller。 此任务输入file inputBAM、file rawVCF。

工作流程

在工作流中,运行task并指定task的执行顺序。

工作流hellohaplotypecaller {

呼叫支持呼叫器

}

任务

例如,GATK RefFasta、sampleName、inputBAM是核心输入。 GATK还会自动搜索支持文件,如anindexdictionaryforthereference和and an index for the bam。

任务haplotype caller {

File GATK

文件射频传真

文件索引

文件ref dict

String sampleName

文件输入bam

file bam索引

命令{

java -jar ${GATK} \

-T HaplotypeCaller \

-R ${RefFasta} \

-I ${inputBAM} \

- o $ { sample name }.raw.in dels.SNPs.vcf

}

output {

filerawvcf=' $ { sample name }.raw.in dels.SNPs.vcf '

}

}

Running the pipeline

先生变成了input文件:

Java-jarwdltool.jarinputshellohaplotypecaller.wdlhellohaplotypecaller _ inputs.JSON

在input文件中填写以下具体信息:

' workflow.task.variable ' : ' type '

“hellohaplotypecaller.haplotype caller.ref fasta ' : ' ./hellohaplotypecallerbundle/ref/human _ g1k _ b37 _”

Java-jar Cromwell.jarrunhellohaplotypecaller.wdl-ihellohaplotypecaller _ inputs.JSON参考

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