使用WDL执行GATK HaplotypeCaller教程
Introduction这里的工作流程是helloHaplotypeCaller; 一个单任务是gatk’shaplotypecaller。 此任务输入file inputBAM、file rawVCF。
工作流程
在工作流中,运行task并指定task的执行顺序。
工作流hellohaplotypecaller {
呼叫支持呼叫器
}
任务
例如,GATK RefFasta、sampleName、inputBAM是核心输入。 GATK还会自动搜索支持文件,如anindexdictionaryforthereference和and an index for the bam。
任务haplotype caller {
File GATK
文件射频传真
文件索引
文件ref dict
String sampleName
文件输入bam
file bam索引
命令{
java -jar ${GATK} \
-T HaplotypeCaller \
-R ${RefFasta} \
-I ${inputBAM} \
- o $ { sample name }.raw.in dels.SNPs.vcf
}
output {
filerawvcf=' $ { sample name }.raw.in dels.SNPs.vcf '
}
}
Running the pipeline
先生变成了input文件:
Java-jarwdltool.jarinputshellohaplotypecaller.wdlhellohaplotypecaller _ inputs.JSON
在input文件中填写以下具体信息:
' workflow.task.variable ' : ' type '
“hellohaplotypecaller.haplotype caller.ref fasta ' : ' ./hellohaplotypecallerbundle/ref/human _ g1k _ b37 _”
Java-jar Cromwell.jarrunhellohaplotypecaller.wdl-ihellohaplotypecaller _ inputs.JSON参考