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WDL学习笔记

张世龙 05-13 09:16 130次浏览

什么是WDL? WDL是由Broad Institute开发的流程开发语言,正式称为工作流描述语言。 官方链接创建以下33603359 software.broad institute.org/wdl/wdl wdl有自己的语法规范,每种语言都有自己的hello world,wdl也不例外task hello { string name=' brother ' command { echo ' hello world ' $ { name } } wdl在task部分主要由定义为command的部分组成,commanand 变量包括各种类型和数据结构。 详情后述; workflow部分用于调用您创建的task模块。 在此,可以通过定义不同的输入并设置不同的输出来创建所需的工作流。 创建的wdl进程文件通常以. wdl后缀结尾。

要运行的程序,必须使用两个不同的jar包运行命令。

Java-jarwomtool-31.jarinputsxxx.wdl XXX.wdl.JSON Java-jar Cromwell-31.jarrunxxx.wdl.wdl.JSON wdl中的变量for example 3.1459 (canbenegativetoo ).Int:整数、 forexample16(canbenegativetoo ).Boolean :布尔型forexampletrueorfalse.file :文件类型的对象文件名的对象Array :数组for expletrueorfalse c ) d ) isanarrayofstringsorarray [字符串] wherewecanpickthebelementbytakingthesecondelement (索引1 sincewdlaraysaray ) . Map:字典for example {'color': 'blue ',' size ' : ' large ' } isamapofstringstostringsormap [字符串,字符串]

basename与shell语法相同,用于获取路径的文件名call

call主要用于调用用工作流编写的task模块command

command编写了要在此模块中执行的命令,是task的一部分元

元可以写描述信息output

output定义了task的输出部分,可以是任何类型,也可以不写这个部分的parmeter_meta

用于存储parameter_meta参数的描述信息runtime

runtime用于定义在不同平台上运行的部分变量,并且在群集运行时必须创建一个配置文件来定义分发任务的属性task

任务任务模块是必须调度的每个模块variables

variables用于定义一些变量workflow

工作流用于调用已编写的task模块,生成适当工作流WDL的工作流类型WDL具有不同的工作流格式,但此处列出了官方网站的不同工作流

链式反应

多个输入输出

合并输出

并联运行

WDL注意事项在WDL群集测试期间,如果您自己控制工作流,则必须将标准和标准错误输出打印到文件中。 这样,屏幕上的返回值将成功检索到WDL的local版本测试中,并迅速转到:3359 www.cn blogs.com/rais ok/p/1151430.hoc al版本测试中

tensorflow模型库介绍,c调用tensorflow模型 WDL - 执行