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WDL - 执行

张世龙 05-13 09:17 96次浏览

目前,Cromwell是我们知道的唯一支持WDL的全功能执行引擎。

Cromwell Cromwell是用Java编写的开源(BSD 3子句)执行引擎,从三种平台(本地计算机,如笔记本电脑,作业调度程序,如网格引擎)访问

Cromwell可执行文件可以作为已编译的jar文件从Cromwell GitHub系统信息库中获取。 需要Java 8才能运行。

基本命令语法如下:

Java-jar Cromwell.jaractionparameterswdl文档的“教程”部分提供了在Cromwell上运行wdl的详细示例。

在Cromwell本地运行WDL是世界上最容易在本地计算机上运行的事情。 如果您有一个名为myWorkflow.WDL的经过验证的wdl脚本,并输入了名为myWorkflow_inputs.json的JSON文件,则只需调用Cromwell的run函数:

Java-jar Cromwell.jarrunmyworkflow.wdl-- inputsmyworkflow _ inputs.JSON这运行工作流。 继续执行该步骤,您将看到Cromwell引擎中的文本已更新。

请注意,从工具本身输出到终端的消息通常在都不会显示在运行脚本的终端中。 相反,Cromwell将此输出保存在stderr 位于执行文件夹内的日志文件中

默认情况下,此文件夹包含生成的所有文件(输出和日志)。

在其他平台上运行群集或云平台可能会比这更复杂,因此本快速入门指南不介绍。 工具包页面上有几个打包Cromwell的平台或集成指针。

参考资料: https://support.terra.bio/HC/en-us/articles/360037487871-execute -

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