blast序列比对是什么意思,blast序列比对工具
第一：先用fasta文件生成蛋白质对比的数据库
根目录：zhang@zhang:/var/www/cgi-bmdhb/blast-2.2.26/bmdhb$ 命令：formatdb -i /var/www/cgi-bmdhb/blast-2.2.26/fasta/T1SE_All.fasta -p T -o T注释：p :T 表示蛋白质序列 F 表示核苷酸序列o : T 表示输出库（默认生成在你输入文件路径下） F 不输出第二：根据生成的数据库db1:在这里生成了六个文件，将六个文件合并到一起，建立新的文件夹。
根目录：zhang@zhang:/var/www/cgi-bmdhb/blast-2.2.26/bmdhb$ 命令行：blastall -p blastp -d /var/www/cgi-bmdhb/blast-2.2.26/blastdb1/T1SE_All.fasta -i /var/www/cgi-bmdhb/blast-2.2.26/fasta/T1SE_All.fasta -m 8 -e 0.001 -o /var/www/cgi-bmdhb/test1.txt注释p : 可选择blast的方法：blastp,blastx,blastnd:数据库的路径i:需要比对的文件的路径-m: 7 = XML Blast output,XML格式的输出 8 = tabular,TAB格式的输出-o： 输出文件的路径把blast-liunx版本的安装包解压通过xftp直接上传过去
需要把库文件放入到bmdhb的目录下
常用的命令
下面命令是生成db文件
ubuntu@VM-0-6-ubuntu:~/blast-2.2.26/bmdhb$ formatdb -i /home/ubuntu/var/fasta/T1SE_All_check.fasta -p T -o T下面的命令是把比对结果输出出来
ubuntu@VM-0-6-ubuntu:~/blast-2.2.26/bmdhb$ blastall -p blastp -d /home/ubuntu/blast-2.2.26/bmdhb/db1/T1SE_All_check.fasta //这里是blast比对生成的数据库db-i /home/ubuntu/var/fasta/T1SE_All_check.fasta //这里是需要比对的fasta文件-m 8 -e 0.001 -o /home/ubuntu/var/blastResult/T1SE.csv //这里是输出的文飞艇稳赚不赔的打法liunx版本的安装包解压通过xftp直接上传过去需要把库文件放入到bmdhb的目录下
常用的命令
下面命令是生成db文件
ubuntu@VM-0-6-ubuntu:~/blast-2.2.26/bmdhb$ formatdb -i /home/ubuntu/var/fasta/T1SE_All_check.fasta -p T -o T下面的命令是把比对结果输出出来
ubuntu@VM-0-6-ubuntu:~/blast-2.2.26/bmdhb$ blastall -p blastp -d /home/ubuntu/blast-2.2.26/bmdhb/db1/T1SE_All_check.fasta //这里是blast比对生成的数据库db-i /home/ubuntu/var/fasta/T1SE_All_check.fasta //这里是需要比对的fasta文件-m 8 -e 0.001 -o /home/ubuntu/var/blastResult/T1SE.csv //这里是输出的文件